Усложняющей задачей при тренировке адекватных реципрокных отношений мышц-антагонистов является понижение порога БА пассивной мышцы. При движениях, направленных на усиление биоэлектрической активности мышц, особенно у пожилых пациентов, необходимо соблюдение равномерного дыхания, избегание задержек на вдохе и чрезмерного натуживания.

Периоды отдыха между циклами движений должны быть активными, включая по показаниям либо дыхательные упражнения, либо элементы активных упражнений на здоровой стороне.
Сигналом к окончанию сеанса, наряду с жалобами больного на усталость, служат резкое увеличение числа неправильно выполненных движений, повышение тонуса спастичных мышц выше исходного. Для объективного контроля за состоянием тонуса мышц может быть рекомендован аппаратный способ измерения тонуса.
При выборе параметров тренировочного режима у детей следует исходить из того, что дети быстрее утомляются, чаще отвлекаются, нуждаются во внесении в тренировку игрового момента. Так, для детей 5—6 лет достаточно выполнения в сеансе 3—4 циклов из 10 упражнений каждый, продолжительность сеанса до 30 мин. У более старших детей, но со сниженной мотивацией и работоспособностью может быть также 3—4 цикла. Если у 5—6-летних детей отдых желателен после каждого цикла (10 движений), то у более старших — после каждых 2—3 циклов.
Детям 5—6 лет назначают 13—15 сеансов на курс, причем желательно ежедневно или не менее 4 раз в неделю. 7—8-летним детям можно назначать занятия 3—4 раза в неделю до 15—16 сеансов по 30—40 мин, 9—10-летним детям также желательно заниматься ежедневно, так как в связи е физиологическими особенностями этого возраста вырабатываемый двигательный навык утрачивается значительно быстрее. Продолжительность курса может быть 30—40 мин и количество сеансов до 18—20, с учетом индивидуальной работоспособности,если нет противопоказаний.
Для детей 13 лет и старше рекомендуется режим работы 3—4 раза в неделю по 30—40 мин по 16—20 сеансов на курс. Однако 18—20 сеансов целесообразно назначать только при высокой работоспособности ребенка. Если назначенный курс еще не закончен, а у ребенка после 13—15 сеансов отмечаются явления чрезмерного утомления, то курс целесообразно закончить. Очень важны при работе с ребенком доброжелательность и терпеливость методиста, а эффективность биотренировок во многом зависит, кроме правильно поставленной задачи, от наличия хорошего контакта методиста и ребенка.
Проводя сеансы БОС по ЭМГ, необходимо учитывать, что пациенты, особенно с различными поражениями ЦНС, реагируют на различные резкие изменения в атмосфере, в том числе и на магнитные бури. Установлено, что в эти дни, а также накануне и в последующий день у них значительно снижается работоспособность, ухудшается эффективность работы на занятии, возможна даже временная утрата приобретенного ранее двигательного навыка. Поэтому в такие дни не следует требовать от пациента длительных занятий, а при необходимости дать отдых. Это особенно относится к детям.